境内河湖交错，水网纵横，京杭运河、淮沭新河、苏北灌概总渠、淮河入江水道、淮河入海水道、古河、六塘河、盐河、淮河干流等9条河流在境内纵贯横穿，全国五大淡水湖之一的洪泽湖大部分位于市境内，还有白马湖、高邮湖、宝应湖等中小型湖泊镶嵌其间。平原面积占总面积的69.39% ，湖泊面积占11.39% ，丘陵岗地面积占18.32%，是典型的“平原水乡”。
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